मालेगाँव धमाके में इस्तेमाल की गयी बाइक की मालिक प्रज्ञा सिंह ठाकुर से जब एटीएस ने मुंबई में पूछताछ की तो उन्होंने कहा कि मेरा इसमें कोई हाथ नहीं है। उन्होंने कहा कि इसमें आर्मी के एक अधिकारी का हाथ है जो पँचमढ़ी में अरबी सीख रहा था। प्रज्ञा ने उस अधिकारी का नाम तो नहीं बताया लेकिन उनके मोबाइल में उसका नंबर था। एटीएस ने सेना से संपर्क किया कि आपका कौन अधिकारी है जो पँचमढ़ी में अरबी सीख रहा है तो पता चला कि वह व्यक्ति ले. क. पुरोहित है। एटीएस ने तब तक पुरोहित का मोबाइल सर्विलांस पर ले लिया था और इसी सर्विलांस के दौरान पुरोहित का एक कॉल पकड़ा गया जिसमें वे सेना के एक पूर्व अधिकारी रमेश उपाध्याय से बात कर रहे थे।