मालेगाँव धमाके में ले. कर्नल पुरोहित के ख़िलाफ़ जो सबसे बड़ा आरोप है, वह यह कि उन्होंने एक कट्टर हिंदूवादी संगठन 'अभिनव भारत' का गठन किया जिसका मक़सद भारत में हिंदू राष्ट्र की स्थापना करना और मुसलिम इलाकों में हिंसक वारदातें कर कथित इसलामी आतंकवाद का बदला लेना था। ले. कर्नल पुरोहित इस संगठन की बैठकों में भाग लेते रहे, इसके ऑडियो-वीडियो सबूत मौजूद हैं, इसलिए पुरोहित इससे इनकार नहीं कर सकते, न ही उन्होंने किया है।