इंडिगो एयरलाइंस ने वेब चेक-इन के दौरान सीट चुनने पर 100 से 800 रुपये तक चार्ज लगा दिया है। इसका मतलब यह है कि अगर आप एयरपोर्ट पर लंबी लाइन से बचने के लिए वेब चेक-इन करते हैं तो आपको अपनी जेब ढील करनी ही होगी। पहले लोग वेब चेक-इन करते थे और उसको फ़्री वाली सीटें (आम तौर पर बीच वाली या बिलकुल पीछे वाली सीटें फ़्री होती हैं) चुनने का भी विकल्प था। लेकिन अब एयरलाइंस ने बीच वाली सीटों के लिए भी पैसे लेने शुरू कर दिए हैं। इससे नाराज़ लोगों ने जब सोशल मीडिया पर कंपनी के इस फ़ैसले की आलोचना की तो कंपनी ने सफ़ाई देते हुए कहा कि यह फ़ैसला लोगों की सुविधा के लिए किया गया है ताकि वे अपनी मनपसंद सीट चुन सकें और पास-पास बैठने वाले यात्री पास-पास बैठ सकें। किसी सीट का रेट कितना होगा, इसके बारे में स्पष्टीकरण देते हुए कंपनी ने कहा कि यह फ़िक्स नहीं बल्कि डिमांड के आधार पर तय होगा और कभी किसी दिन (रवानगी से एक दिन पहले) ऐसा भी हो सकता है कि कुछ सीटें फ़्री में ही उपलब्ध हों। एयरलाइंस ने यह भी स्पष्ट किया है कि एयरपोर्ट पर चेक-इन करने पर मिलने वाली सीट के लिए कोई अतिरक्त पैसे नहीं देने होंगे।