कोवैक्सीन के भी अब गंभीर दुष्परिणाम की ख़बरें हैं। हाल ही में स्प्रिंगर नेचर में प्रकाशित एक रिपोर्ट के अनुसार, किशोर लड़कियों और कोमॉर्बिडीटीज यानी कई बीमारियों से जूझ रहे लोगों पर कोवैक्सीन का दुष्परिणाम ज़्यादा दिखा है। शोध के मुताबिक़ इसमें हिस्सा लेने वाले लगभग एक तिहाई लोगों में कोवैक्सीन के दुष्परिणाम देखे गए हैं। सांस संबंधी इंफेक्शन, स्किन से जुड़ी बीमारियां, ब्लड क्लॉटिंग, महिलाओं में पीरियड से जुड़े दुष्परिणाम देखने को मिले हैं।