ओडिशा में ट्रेन हादसों से पहले क्या सिग्नल सिस्टम से जुड़ी कुछ खामियाँ थीं? और यदि ऐसा था तो वह किस प्रकार की गड़बड़ियाँ थीं? एक रिपोर्ट के अनुसार 3 जून के ओडिशा ट्रेन हादसे से कुछ हफ्ते पहले रेलवे बोर्ड ने अप्रैल महीने में अपने सभी ज़ोनों को सूचित किया था कि जनवरी के बाद से कम से कम पांच मामलों में ट्रेनों का संचालन असुरक्षित रूप से किया गया जिनमें सिग्नलिंग कर्मचारियों द्वारा पॉइंट और क्रॉसिंग पर 'शॉर्टकट' अपनाया गया। रेलवे बोर्ड ने ही यह लिखा है कि मरम्मत के दौरान कई तरह की 'लापरवाहियाँ' बरती गईं और ट्रेनों का संचालन किया जाता रहा।