समझौता एक्सप्रेस बम कांड में असीमानंद के ख़िलाफ़ सबसे बड़ा सबूत उनका 42 पेज का क़बूलनामा था। उनके वकीलों ने बाद में उनसे कहा भी कि आपके इस क़बूलनामे के बाद हम भी आपको नहीं बचा पाएँगे। लेकिन वह बच गये।
एनआईए कोर्ट ने समझौता एक्सप्रेस धमाका मामले में स्वामी असीमानन्द सहित सभी चारों अभियुक्तों को बरी कर दिया है। बरी किये जाने वालों में असीमानंद के अलावा लोकेश शर्मा, कमल चौहान और रजिंदर चौधरी शामिल हैं।