मदर टेरेसा के मिशनरीज ऑफ चैरिटीज का एफसीआरए रद्द किए जाने पर काफी शोर मचा था। लेकिन केंद्रीय गृह मंत्रालय ने कुछ हिन्दू संस्थाओं का एफसीआरए भी कैंसल किया था। इनमें से कई बहुत मशहूर हैं।
हाल ही में गृह मंत्रालय (एमएचए) द्वारा जिन 6,000 गैर सरकारी संगठनों का एफसीआरए रजिस्ट्रेशन का नवीनीकृत नहीं हुआ है, उनमें तिरुमला तिरुपति देवस्थानम (टीटीडी), रामकृष्ण मिशन और शिरडी के श्री साईबाबा संस्थान ट्रस्ट (एसएसएसटी) भी शामिल हैं।
आंध्र प्रदेश में प्रसिद्ध तिरुपति वेंकटेश्वर मंदिर और रामकृष्ण मिशन हिंदू धार्मिक संगठनों के रूप में पंजीकृत हैं, जबकि एसएसएसटी विदेशी योगदान (विनियमन) अधिनियम (एफसीआरए) की "धार्मिक (अन्य)" श्रेणी के अंतर्गत आता है।
